Eli jos vaihdan nykyisen fujitsun konepakettini emolevyn uuteen emolevyyn, niin katoavatko nämä fujitsun merkinnät järjestelmätiedostoista? Ovatko nuo fujitsun tiedot tallennettu emolle vai kovolle?

Kyllähän ne voi olla mitä tykkää Kuten tässä
Käyttöjärjestelmä ne emolta hakee alunalkaen, mutta kiintolevyllä tuota tietoa säilytetään. Jolloin se on muutettavissa.

Miten näitä tietoja käytännössä pystyisi muuttelemaan AIheuttaako epävakautta tjms?

Miksi niitä tarvitsisi muuttaa?
Ei siitä epävakautta aiheudu. Itse tein ohjelmalla nimeltä X-Setup Pro